Синода, чуткий к специфике медиума кино, убирает из своей экранизации все сверхъестественные элементы литературного источника — на бумаге они вполне могут сойти за метафоры, образы, возникающие исключительно в горячечном сознании измученного героя (тем более что роман Эндо — это роман в письмах и дневниковых записях, здесь практически отсутствует инстанция высшей истины — фигура нарратора). Его «Молчание» — это молчание пустоты: в этом фильме Бога нет, небеса одинаково равнодушны как к страданиям людей, так и к их падению (не говоря уже об иконоклазме). Синода не включает в фильм и длинный эпилог, повествующий о долгой жизни отрекшегося от веры отца Родригеша в качестве рядового японца. Его история заканчивается возвращением неудавшегося святого в брутальное человеческое обличье. Отдельный бонус: обет целибата Родригеш нарушает не с кем попало, а с героиней Симы Иваситы, одной из суперзвезд японского кино. А у Скорсезе бывшего падре женят черт знает на ком!
