Понимая угрозу войны и ожидая бомбардировок, в 1938 году директор Национальной галереи Кеннет Кларк начал эвакуацию шедевров в безопасные места. Сначала он отправил 50 картин в университетский колледж Бангор в Уэльсе, а в течение следующего года оставшаяся часть коллекции обрела новые дома в уэльских замках Пенрин и Карнарвон и в Национальной библиотеке Уэльса в Аберистуите.
Эти хранилища рассматривались как временные, и руководство искало для картин постоянное убежище. Обсуждалась возможность переместить их в более безопасное место Уэльса или же отправить на корабле в Канаду. Второй вариант вызывал у Кларка сомнения: морской транспорт казался слишком уязвимым для атаки подводных лодок. Он обратился за советом к Уинстону Черчиллю и получил строгое указание: спрятать произведения искусства «в пещерах и подвалах, но чтобы ни одна картина не покинула острова».
Поэтому из временных домов все 1800 картин отправились в сланцевую шахту в Маноде. Некоторые из самых больших работ не помещались во входные своды — и своды увеличивали с помощью взрывчатки. Чтобы перемещать экспонаты по шахте, проложили железнодорожные рельсы. Для полотен построили кирпичные «бунгало», где можно было регулировать температуру и влажность воздуха, а группа ученых следила за сохранностью картин.
Именно здесь, в шахтах Манода, началась новая эра хранения шедевров в Национальной галерее. После окончания войны, когда здание на Трафальгарской площади ремонтировали, его первым из всех музеев снабдили системой кондиционирования воздуха и основали научный отдел.
Несмотря на то что Трафальгарскую площадь регулярно бомбили, в опустевшем на военные годы помещении галереи давала концерты пианистка Майра Хесс. Эти представления поднимали общественный дух и собирали тысячи слушателей, и в дополнение к ним Кларк стал устраивать выставки военных художников — Пола Нэша, Генри Мура и Стэнли Спенсера.
В 1942 году, когда количество взрывов уменьшилось, директор решил выставлять по одной картине из собрания в месяц. Такой выставочный формат сохранился в галерее и по сей день. Из Манода привозили отреставрированную «Венеру Рокби» Веласкеса и «Noli me tangere» Тициана — Кларк отбирал те полотна, что вызывали самые сильные эмоции у зрителей. Прибытие каждой новой работы было большим событием, и в зале галереи, где висела всего одна картина, собирались тысячи посетителей. Вот почему художественный критик и искусствовед Герберт Рид назвал Национальную галерею «непокорным форпостом культуры прямо в центре разбомбленного и разрушенного мегаполиса».
В 1946 году картины, восстановленные в Маноде, были открыты для публики, что вызвало сомнения Эрнста Гомбриха — теоретика искусства и профессора Института Варбурга. Гомбрих заявил, что главный реставратор Гельмут Рухеман использует слишком радикальные методы очистки картин от лака, и вспомнил о спорах вокруг метода Истлейка. Однако через год комиссия постановила, что подобная очистка не несет ущерба произведениям.